Волгоградская таможня была образована на основании приказа ГУ ГТК при Совете министров СССР № 166 от 30 июля 1990 года «О создании таможенных учреждений».

Этим приказом регионом деятельности Волгоградской таможни были определены Волгоградская и Астраханская области. Но уже в 1991 году с расширением зоны деятельности таможенного органа, приказом
Таможенного комитета СССР № 9 от 11 июля 1991 года Волгоградская таможня была переименована в Нижневолжскую. К региону ответственности таможни добавилась Республика Калмыкия.

В 2001 году таможня была вновь переименована в Волгоградскую. Становление и развитие таможни шло параллельно с процессом расширения сети таможенных постов и пунктов пропуска на 240-километровом
участке государственной границы с Республикой Казахстан.

В настоящее время зона деятельности таможни включает Волгоградскую область и Республику Калмыкия. В структуру таможни входят 8 таможенных постов, один воздушный и два двусторонних автомобильных
пункта пропуска, 43 специализированных отдела и отделения. Численность должностных лиц таможни  составляет более 700 человек.

В таможне осуществляют оформление более 500 участников ВЭД. Во внешней торговле области представлены 97 стран мира. За шесть месяцев 2010 года таможней перечислено в бюджет страны более 7 млрд.
рублей. Было оформлено 12 675 таможенных деклараций. Стоимостный объем товаров, оформленных по ГТД, превысил 2,6 млрд. долларов США. Объем оформленных грузов составил 25 млн. тонн.

Реализация одной из основных функций таможенных органов – ускорение товарооборота через таможенную границу – невозможна без современных информационных технологий. Волгоградская таможня одна из первых
в Южном таможенном управлении приступила к внедрению современных методов таможенного оформления и контроля.

В сентябре 2005 года на Волжском таможенном посту были оформлены первые грузовые таможенные декларации в электронном виде по форме ЭД-1. В 2009 году с применением электронной формы декларирования
товаров было выпущено уже около полутора тысяч ГТД.

15 декабря 2009 года на Советском таможенном посту выпустили первую в таможне электронную декларацию с использованием интернет. На сегодняшний день 6 таможенных постов включены в список таможенных
органов, имеющих достаточную техническую оснащенность для использования электронного декларирования с использованием интернета, а всего за первое полугодие 2010 года выпущено 2 179 электронных
деклараций.

В феврале 2009 года Волгоградская таможня подписала договор с ООО «Таможенная платёжная система», предполагающий внедрение и использование электронной системы уплаты таможенных платежей с применением
микропроцессорных пластиковых карт «Зеленый коридор».

В таможне принимаются активные меры по реализации Концепции таможенного оформления и таможенного контроля в местах, приближенных к государственной границе Российской Федерации, как составной части
Стратегии развития Федеральной таможенной службы до 2020 года. В соответствии с утвержденным ФТС России Планом мероприятий по реализации Концепции Волгоградской таможней проводится соответствующая
работа по оптимизации мест расположения таможенных постов.

Продолжают расти показатели правоохранительной составляющей деятельности Волгоградской таможни. Всего в 2009 году Волгоградской таможней выявлено и признано судами контрафактными 55 074 единиц
продукции. Основная часть контрафактной продукции была изъята из оборота благодаря проведению оперативно-розыскных мероприятий, сообщили volpromex.ru в пресс-службе Южного
таможенного управления ФТС.

За 6 месяцев 2010 года Волгоградской таможней был возбужден ряд уголовных дел по признакам преступлений, относящихся к компетенции таможенных органов. Общая стоимость товаров, явившихся предметами
контрабанды, составила более 76 миллионов рублей, сумма неуплаченных таможенных платежей (ст. 194 УК РФ) — около 13 миллионов рублей.

В текущем году сотрудниками Волгоградской таможни в ходе проведения оперативно-розыскных мероприятий выявлена и пресечена деятельность организованной преступной группы, занимавшейся контрабандой
крупных партий товаров. Стоимость незаконно ввезенной продукции составила более 71 млн. рублей, что было сопряжено с уклонением от уплаты таможенных платежей на общую сумму почти 13 млн. рублей.
Также в ходе проведения оперативно-розыскных мероприятий были выявлены факты контрабанды огнеупорных материалов на сумму более 5 млн. рублей, сопряженной с недостоверным декларированием.